Pour réaliser ce script if faut trouver les fichiers d'info de la batterie
Exemple pour le MSI CX61 2QF sous LMDE2 Cinnamon 64bits :
/sys/class/power_supply/BAT1/

#!/bin/bash

charge=$(cat /sys/class/power_supply/BAT1/status) #Var "charge" regarde si l'alim est branché
pourcent=$(cat /sys/class/power_supply/BAT1/capacity) #Var "pourcent" regarde le % de batterie restante

if [ "$charge" = "Charging" ]; then #If batterie est en charge
        exit 0 #kill le script

fi
if [ "$pourcent" -le "5" ]; then #If % inf de 5%
        pm-hibernate #Hiberne le PC
        exit 0 #kill le script (sinon ne reprend pas la session)
fi

Attention, l'hibernation peux ne pas fonctionner, il faut s'en référer en la Doc de la distrib
Wiki Debian

Crontab est l'outil sous Debian qui permet de lancer a des heures très précise

# /etc/crontab: system-wide crontab
# Unlike any other crontab you don't have to run the `crontab'
# command to install the new version when you edit this file
# and files in /etc/cron.d. These files also have username fields,
# that none of the other crontabs do.

SHELL=/bin/sh
PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin

# m h dom mon dow user	command
17 *	* * *	root    cd / && run-parts --report /etc/cron.hourly
25 6	* * *	root	test -x /usr/sbin/anacron || ( cd / && run-parts --report /etc/cron.daily )
47 6	* * 7	root	test -x /usr/sbin/anacron || ( cd / && run-parts --report /etc/cron.weekly )
52 6	1 * *	root	test -x /usr/sbin/anacron || ( cd / && run-parts --report /etc/cron.monthly )
#
*/3 *	* * *	root	/bin/battery.sh #Toutes les 3mins, run script Hibernation batterie